専攻科とは、高校卒業後に進む上級課程で、修業年限は２年間です。

水産高校（航海技術類型・機関工学類型）では、船舶職員として活躍するために高校卒業時点で｢４級海技士｣の取得を目標としていますが、専攻科の目標は３級です。

　３級海技士免許を取得すると、５００トンの船までなら船長・機関長になることができます。５００トンというのは、漁船ならほとんど全て、貨客船でも国内航路の多くが該当します。もちろん、航海士・機関士としてなら国際航路も含めて大きな船にも乗れます。需要は大きく、就職に困ることはありません。

　３級海技士免許を取得するためには、知識も大切ですが、乗船履歴がなければなりません。
そこで、専攻科生は、１年次は基本的に登校せず、実習船宮城丸に乗っています。２年次から、学校で海技士免許取得の為の授業となります。

　定員は、航海コース・機関コース　合計で１０名です。